La historia de Leyendas Pokémon: Z-A transcurre en Ciudad Luminalia, donde se está llevando a cabo un plan de desarrollo urbanístico que convertirá la ciudad en un lugar perfecto para humanos y Pokémon. Poco después de llegar a Ciudad Luminalia, conocerás a un Pokémon que se convertirá en tu compañero de aventuras: Chikorita, Tepig o Totodile te acompañarán en tu viaje como Entrenador o
Entrenadora Pokémon.
En títulos anteriores de la serie de videojuegos, los Pokémon se movían por turnos. Sin embargo, en los combates de Leyendas Pokémon: Z-A, los Entrenadores y sus Pokémon podrán moverse de un lado a otro en tiempo real, y los Pokémon utilizarán sus movimientos cuando sus Entrenadores lo ordenen. Además de la compatibilidad entre tipos, habrá nuevas mecánicas que tener en cuenta, como el tiempo exacto para cambiar a tus Pokémon o para usar movimientos, el tiempo que emplea cada movimiento en estar disponible o la amplitud del área donde tendrán efecto.
Durante tu visita a Ciudad Luminalia, te alojarás en un antiguo hotel llamado Hotel Z, que será tu base de operaciones mientras te enfrentas a todo tipo de sucesos en la ciudad junto a tus nuevos amigos. A lo largo de esta aventura, trabarás amistad con Urbi o con Muni, que vive y trabaja en el Hotel Z. El aspecto que decidas tener al principio del juego determinará si será Urbi o Muni quien te acompañe.
